| 2003年 (平成15年) |
5月 | 琉球諸島を世界自然遺産候補地として選定 |
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| 2013年 (平成25年) |
5月 | 科学委員会を設置 |
| 8月 | 科学委員会を開催 | |
| 12月 | 科学委員会を開催 奄美大島、徳之島、沖縄島北部、西表島の４地域に候補地を絞り込む |
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| 2014年 (平成26年) |
9月 | 科学委員会を開催 |
| 2015年 (平成27年) |
2月 | 科学委員会を開催 |
| 9月 | 科学委員会を開催 | |
| 地域部会準備会、地域部会勉強会を４地域で開催 | ||
| 2016年 (平成28年) |
2月 | 科学委員会を開催 ４地域併記の名称でユネスコ世界遺産センターへ暫定リスト提出 |
| 4月 | 西表石垣国立公園の公園区域の拡張 | |
| 9月 | やんばる国立公園（沖縄島北部を含む）の指定 | |
| 10月 | 地域連絡会議の設置 | |
| 11月 | 科学委員会を開催 ユネスコ世界遺産センターへ推薦書の暫定版を提出 |
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| 12月 | 地域連絡会議を開催 包括的管理計画の策定 |
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| 2017年 (平成29年) |
2月 | ユネスコ世界遺産センターへ推薦書（管理計画も含む正式版）を提出 |
| 3月 | 奄美群島国立公園（奄美大島・徳之島を含む）の指定 | |
| 10月 | 国際自然保護連合（IUCN）による現地調査 | |
| 2018年 (平成30年) |
3月 | 地域連絡会議開催 |
| 5月 | 国際自然保護連合（IUCN）による評価結果の勧告 | |
| 6月 | ユネスコ世界遺産センターから推薦書を取下げ 地域連絡会議を開催 |
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| 9月 | 科学委員会を開催 | |
| 12月 | 科学委員会の開催 地域連絡会議を開催 包括的管理計画の改定 |
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| 2019年 (平成31年/令和元年) |
2月 | ユネスコ世界遺産センターへの推薦書の再提出 |
| 8月 | モニタリング計画の策定 | |
| 10月 | 国際自然保護連合（IUCN）による現地調査 | |
| 2021年 (令和３年) |
5月 | 国際自然保護連合（IUCN）による評価結果の勧告 |
| 7月 | 世界自然遺産登録 |